オレンジ諸島を旅するサトシたち一行。そこへ、謎のコレクター・ジラルダンが現れ、火の神といわれる「特別なファイヤー」をゲットしてしまう。そのことがきっかけで自然界のバランスが壊れ、世界は天変地異にみまわれてしまう。サトシたちはこの世界を救うことができるのか…。そして現れた幻のポケモン「ルギア」は果たして敵なのか、味方なのか！？

「劇場版ポケットモンスター 幻のポケモン ルギア爆誕」は、サトシと仲間たちがオレンジ諸島を旅する中、自然のバランスを乱す事件に巻き込まれる物語。謎のコレクター・ジラルダンが神と呼ばれるポケモンを捕らえ、世界は天変地異に見舞われる。サトシたちはこの危機を救うため、幻のポケモン「ルギア」の力を借りて立ち向かう。ルギアは敵なのか、味方なのか。そして、サトシたちは世界を救うことができるのか。その答えを描く壮大な冒険が展開される。