高校生の桃園奈々生は父親と二人暮らしをしていたが、ギャンブル好きの父が家出をし、家も差し押さえられてしまったことで突然ホームレスとなってしまう。そこに謎の男に出会い家を譲ってもらえるという。そこに行くとそこはなんと廃墟のようになっている神社・ミカゲ社だった！その男というのもじつは土地神ミカゲで、奈々生はそこを譲ってもらう代わりに土地神としての仕事をすることになる。そこには、神使として神社を守って生きた巴衛がおり、最初は新たな土地神となった奈々生と衝突していたが、明るくて何事にも一生懸命な奈々生の姿を見て考えを変える。

「神様はじめました」は、不運で貧乏な女子高生・奈々生の日常を描いた作品です。彼女の生活は恋愛や笑い、そして受難が交錯する妖かし系のラブコメディです。鈴木ジュリエッタの人気漫画が原作で、女子高生と妖かしの交流とロマンスが描かれています。奈々生は土地神として、そして人間として成長していきます。特に第7話では、彼女が大きな転機を迎えるエピソードが描かれており、視聴者の注目を集めています。