中学3年生の真壁一騎は、竜宮島で平凡に生活していた。しかし、皆城総士が東京から島へと帰ってきたその日から、日々は急速に変化する。突然島に声が響いたかと思えば、謎の生命体・フェストゥムが襲来する。混乱する一騎たちをよそに、人々が暮らしていた竜宮島は真の姿へと形を変えていく。移動要塞アルヴィスへと変化した島は、フェストゥムとの戦いを開始する。一騎は人型兵器ファフナーのパイロットになり、フェストゥムを駆逐する。戦いで初めて島の真の姿を目の当たりにした人々は戸惑いを隠せない。そんな中、ファフナー操縦訓練が始まり、一騎はひとりの少女と出会う。

「蒼穹のファフナー」は、少年少女たちが自身の命を賭けて未知の侵略者“フェストゥム”と戦う物語です。XEBEC制作のオリジナルアニメで、脚本は山野辺一記と冲方丁が担当しています。物語の中心は、搭乗すると同化現象という危険が伴うロボット兵器・ファフナーで戦う少年たちの葛藤とその戦いです。彼らの成長とともに、人間の存在意義や生きる意味を問いかける深遠なテーマが描かれています。