終業式の日の夜、魔女見習いではなくなったどれみ達は、家を抜け出し魔女界に帰るマジョリカ達を見送るためMAHO堂に集まった。 しかし、すでにマジョリカ達はおらず、「別れがつらいので会わずに帰る」という手紙と、床に落ちたマジョリカ愛用のドライヤーだけが残されていた。忘れ物を届けに魔女界を訪れたどれみ達は、女王様の庭園に迷い込み綺麗に咲くバラの木に目を奪われる。 すると、突然1輪のバラの花から赤ちゃんが誕生し、驚いたどれみ達は赤ちゃんを抱っこして唖然とする。 最初に赤ちゃんの誕生を見たものが1年間育ての親となるという魔女界の掟により、どれみ達は女王様より1年間この赤ちゃんのママになるよう命じられてしまう。再び魔女見習いとなったどれみ達は、魔女の赤ちゃん・ハナちゃんを無事に育てることができるのか?

「おジャ魔女どれみ♯」は、おジャ魔女たちが赤ちゃんの育て親になるという意外な展開の第2期です。ひょんなことから赤ちゃんの育て親になってしまったどれみたちが、魔法と育児、そして青春を通じて大騒ぎを繰り広げます。赤ちゃんを育てる大変さや、それに勝る可愛さや嬉しさを学んでいく彼女たちの姿からは目が離せません。魔法と現実が交錯する中で、どれみたちが成長していく様子を描いています。