数少ない生存圏のひとつであるハワイ島がフェストゥムに襲撃され、新国連は生存者の残る島を焼き尽くす。その爆心地近くで、ひとりの少女が1体のフェストゥムに守られているのが発見される。それから1年が経った西暦2151年。竜宮島に住む人たちは平和な毎日を過ごしていた。真壁一騎はファフナーのパイロットを引退し、後輩に引き継いでいる。しかし竜宮島の「皆城織姫」が目覚め、派遣部隊の危機を知った一騎と総士は封印された機体・マークザインとマークニヒトに乗り、救援に向かうことに。己の命を使うことで敵を撃退する2人。新たな戦いの日々が始まる。

「蒼穹のファフナー EXODUS」は、島に暮らす少年少女たちがロボット兵器で戦うSF作品の第2シリーズです。彼らの日常の中には、何気ない会話が織り交ぜられ、その切なさが視聴者の心を引きつけます。そして、その静かな日常が戦闘シーンへと繋がるとき、胸が熱くなるような感動を呼び起こします。今を生きる戦いが始まる、名作SFの続編として描かれています。