宇宙世紀0123年。月の周辺に新設されたフロンティア・サイドのコロニー、フロンティアIV。その内部にあるフロンティア学園では学園祭が開催され、いつもと変わらぬ平和な一日が過ぎようとしていた。そんな中、フロンティアIVに近づくMS部隊の姿があった。彼らの名は、クロスボーン・バンガード。庶民のための真の貴族による支配主義「コスモ貴族主義」を標榜するマイッツアー・ロナが創設した武装集団に所属するMSだった。クロスボーン・バンガードのMSはフロンティアIV内部に潜入し、迎撃する連邦軍MSとの戦闘によって、平和なコロニーは一転して戦場と化していく。戦火の中、フロンティア学園の生徒であるシーブック・アノーは、幼なじみのセシリー・フェアチャイルドら学園の仲間と共に、シェルターへ避難しようとしていた。しかし、死地を乗り越え、ようやく宇宙港に辿り着いたシーブックたちの前に現れたのは、クロスボーン・バンガードのMSだった。彼らの目的は、ロナ家の血を引くセシリーを連れ帰ることにあったのだ。迎えに来た兄と共に友人たちのもとを去るセシリー。その後、脱出したシーブックたちはスペースボートでフロンティアⅠに辿り着いていた。フロンティアⅠでクロスボーン・バンガードの追撃を逃れた練習艦スペース・アークに助けられたシーブックは、そこで母親が開発していた新型MSF91ガンダムと出会う。しかし追撃の手はついにスペース・アークにも及び、シーブックはF91で出撃。初戦闘ながらクロスボーン・バンガードのMS部隊を退けるのだった。その頃セシリーは、ロナ家の女として生きることを心に決め、フロンティアIVで行われるコスモ・バビロニアの建国式典に参加しようとしていた。建国式典の前夜、コロニーに戻り、セシリーと再会するシーブック。しかし、彼女の決心を覆すことはできず、再び離ればなれとなってしまう。そして、再び始まるクロスボーン・バンガードによるフロンティアⅠへの侵攻。そこで、敵と味方という立場になってしまった二人は、それぞれがMSパイロットとして戦場で再会する。しかしその進行作戦の裏ではセシリーの父である鉄仮面の巨大な陰謀が進行していた。離ればなれとなったシーブックとセシリーは、再び通じ合うことができるのか？　そして、鉄仮面が企てる陰謀の正体とは……？

「機動戦士ガンダムF91 完全版」は、『機動戦士ガンダム』から40数年後の世界を舞台にした劇場版作品です。あの戦争から数十年が経過し、再び訪れた動乱の時代。新世代のガンダムがその中で躍動します。キャラクターやメカニックのデザイン、敵勢力など、これまでの要素を一新し、過去作とは印象が異なるガンダム作品の新機軸を目指しました。新たな時代背景とともに、新たなガンダムの物語が展開されます。