地球連邦軍内の内戦とも呼ばれるグリプス戦役はティターンズの壊滅によって終結した。しかし、勝利したエゥーゴも戦力の大半を失っており、地球圏は混沌とした状態が続いていた。この機に乗じ、グリプス戦役に参加しながらも損害が軽微であったアクシズは「ネオ・ジオン」を宣言、温存していた戦力を投入し地球圏の制圧に乗り出した。宇宙世紀0088年のことであった。ネオ・ジオンが活発な動きを見せる中、戦闘でダメージを追ったアーガマはサイド1のコロニー、シャングリラに寄港していた。コロニーに住む少年、ジュドー・アーシタはジャンク屋の仲間と共にアーガマからMSなどを盗み出すことを計画する。時を同じくしてシャングリラにネオ・ジオンの艦艇が来訪、アーガマと戦端を開くこととなった。戦いに巻き込まれたジュドーは妹のリィナの説得もあってアーガマへ協力することを承諾、4人の仲間もそれに同調する。こうして、ジュドーたちを乗せたアーガマはシャングリラを脱出し、新たな戦いへと赴くのだった。