ジャブロー戦の結果、地球上における地球連邦軍の勝利は決定的になり、前線は宇宙に移行した。第13独立部隊として正式に地球連邦軍に組み込まれたホワイトベースも囮任務を担って宇宙に上がり、中立コロニー群のサイド6に入った。そこでアムロは運命の女性ララァ・スンと出会い、ニュータイプ的交感を果たす。だが、ララァはシャアが指揮するジオン公国軍ニュータイプ部隊のパイロットであり、結果的にアムロは戦闘でララァを殺してしまう。そんなアムロの悲嘆をよそに、主戦場はジオン公国軍の宇宙要塞ア・バオア・クーへと移っていく。そしてララァを失ったアムロとシャアは、ア・バオア・クーを舞台に一年戦争最後の死闘を繰り広げるが……。

「劇場版 機動戦士ガンダムIII めぐりあい宇宙編」は、人間の革新の可能性を描き、社会現象にまでなった劇場版最終作です。TVシリーズを再編集した劇場版の第3弾で、構成や演出がTV本編から大きく変更されています。物語は戦場が再び宇宙へと移り、連邦軍とジオン軍の最終決戦が繰り広げられます。また、主人公アムロとライバルシャアの決着も描かれ、見どころが多い作品となっています。