中国大使館が「個別の11人」と名乗るテロ組織によって占拠された。特定のリーダーを持たない彼らの要求は、アジア難民受け入れの即時撤廃と招慰難民居住区の完全閉鎖。新首相との交渉の末、無期限待機命令の解除を条件に、荒巻は9課を発動させる。

「攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG」は、公安9課の新たな戦いを描いた作品です。前作「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」の続編で、敵は個人か国か、それとも社会かという問いを提示します。物語は、社会の裏側で起こる様々な事件を解決するため、公安9課が再び立ち上がるところから始まります。彼らの戦いは、個々の事件を超えて、社会全体の問題に迫ります。それぞれのキャラクターが抱える過去や信念が交錯し、深みのあるストーリーが展開されます。