超能力と魔術の2つが存在する世界で、「学生都市」の学生として暮らしている上条当麻は、夏休みの宿題に追われていた。そんな頃彼の通う学園近くの海から金属鎧で全身を包んだ謎の集団が次々に上陸する事件が起こる。また、暗号で書かれた「魔法書」を解読する修道女が拉致される事件も起こる。そんな頃、学園では超能力の運動会が開催される。運動会の準備をしている当麻に「インデックスがさらわれた」という知らせが届く。急いで犯人のいる廃劇場に向かう当麻だった。そして次に修道女のオルソラもさらわれてしまう。彼女をなんとか助け出すが、何度も狙われるオルソラを助けるために悩む当麻だった。

「とある魔術の禁書目録II」は、超能力と魔術が混在した世界を舞台にしたバトルアクションシリーズの第2弾です。異能を打ち消す力を持つお人好しの少年、上条当麻と、10万冊以上の魔道書を記憶する少女、禁書目録（インディックス）の戦いが再び始まります。人気シリーズの第2期として、新たな敵や事件に巻き込まれながらも、二人の絆と成長を描いています。