黒子と火神の最高のコンビネーションにより、無事にインターハイを勝ち抜いた誠凛高校。東京都代表として挑むウインターカップ予選に向け、練習を重ねていった。無事に予選を勝ち抜いた誠凛高校だったが、今期のウインターカップ本戦は「キセキの世代」と呼ばれる最強選手ばかりが揃う大会であった。しかも初戦の相手は、前回の予選で誠凛が敗戦した桐皇学園であった。前回の悔しい思いを全力でぶつけると誓う誠凛チームだったが、強豪の桐皇を前に、なかなか点を取るのが難しくなっていた。

「黒子のバスケ 第2期」は、全国制覇を目指すウインターカップが舞台です。主人公・黒子のかつての仲間である「キセキの世代」の5人が集結し、全面対決が始まります。一方で、火神の兄貴分である氷室が新たに登場します。彼らとの因縁の戦いを通じて、黒子と火神の絆が深まる様子に注目です。強豪たちとの激闘を経て、黒子たちはどのように成長し、どのように全国制覇に挑むのか、その戦いの行方が描かれます。