西暦2025年の世界では謎の物体スカブコーラルが出現し、天変地異が起こることが日常と化していた…。そんな世界の沖縄で、老医師のトシオによって育てられた少年フカイ・アオは、父親も母親も行方不明となっており、見た目も島の人々とは大きく異なっていたため、地元の人から迫害を受けてきた。しかしトシオの教育のおかげで優しい心を失わない少年だった。アオはある日、ニルヴァーシュと出会い自分の能力を知ることで、それまで遠慮して押し殺してきた自分の気持ちを解放させる。アオは大きな組織の狭間でもがきながら、行方不明の母を探しつつ、スカブコーラルの謎に迫っていく…！