2027年。互いに異なる事件を追う、陸軍義体化部隊「501機関」の草薙素子と元特殊部隊員バトー、特捜刑事のトグサたち。後に攻殻機動隊メンバーとなる彼らは、個々の意思とは無関係に、公安9課の課長となる荒巻の元へ、導かれるように集まっていくことに。

「攻殻機動隊 ARISE」は、「攻殻機動隊」シリーズの第4作目で、公安9課結成前夜の物語を描いています。主人公の草薙は、個性的な人的資源と気脈を通じて、犯罪に対し常に攻性の精鋭実力部隊を創設するという目的を共有していた荒巻と共に、彼らを糾合していくこととなります。未来を創るために立ち向かう彼らの戦いが描かれています。