御坂美琴は最高レベルの特殊超能力を持つ「学園都市」の学生で、「広域社会見学」の前に友人たちと買い物に出かけるのであった。モールへ向かう道中「マネーカード」の入った封筒を拾った。「マネーカード」の拾得届が増えていることを聞きつけた彼女たちは、急きょ買い物を取りやめ「マネーカード」探しにでかけるのであった。そしてその裏には「武装無能力者集団」が関わっているようだった。そして、自分自身のクローンが制作されているのではないかという疑惑も出てきたのであった。その真意を探るために美琴は、とある研究所に忍び込む。

「とある科学の超電磁砲S」は、「とある」シリーズの科学サイドの物語の第2シーズンです。特殊な授業を受け、能力を得たメンバーたちと共に、平和で平凡ながらもちょっぴり変わった学園都市的日常生活を送っていた主人公・美琴のもとに、突如として学園都市の「闇」が迫ります。これまでの日常が一変し、美琴は未知の闘いに巻き込まれていきます。この作品は、日常と非日常が交錯する中での彼女たちの成長と友情、そして闘いを描いています。