科学忍者隊の活躍によって地球は平和を取り戻した。だが宇宙へ去ったはずの総統Xが再び襲来。新たなしもべ・ゲルサドラの元にギャラクターを復活させる。地球征服のため活動を再開したギャラクターに立ち向かうべく、科学忍者隊は新たな戦いに身を投じる。

「科学忍者隊ガッチャマンII」は、復活した悪の組織・ギャラクターと戦うガッチャマンたちの物語です。タツノコプロ制作によるSFヒーローアクションの続編で、新たなメカを駆使しての戦闘シーンが描かれています。また、ジョーの復活とその苦悩を通じて、アクションだけでなく人間ドラマも深く描かれています。世界の平和を守るため、再び立ち上がったガッチャマンたちの活躍を描いた作品です。