ギャラクターの影の支配者・総裁Xは、科学忍者隊によってついに倒された。だが残された一つのパーツが自我を持ち、総統Zとして復活する。新型メカ・ガッチャスパルタンで戦いに挑む科学忍者隊は、かつてない激闘を繰り広げることになる。

「科学忍者隊ガッチャマンF」は、「ガッチャマン」シリーズの第3弾で、ギャラクターが三度目の復活を遂げ、新たな戦いと過酷な運命が科学忍者隊を待ち受けます。全世界とギャラクターがぶつかり合う全面戦争が描かれ、ガッチャマンたちの個別のアクションや、魅力を増した敵サイドの動きが見どころとなっています。これまで以上に厳しい戦いが繰り広げられる中、彼らの活躍を描いた作品です。