八神はやては、車椅子で生活をする少女で身寄りがなく、孤独に暮らしていた。しかし9歳の誕生日を迎えた瞬間に、本棚にあった1冊の本が光り出す。その本には封がしてあり、おもわず封を切ったはやてに本は、「封印を解除します」と告げる。それから時が経った12月。高町なのはは今日も魔法の訓練を重ねていた。訓練を終えたなのはは今まで出会った人たちのことを思い、また再び会える日を心待ちにしていた。一方、フェイトは母・プレシアが起こした事件の関係者として裁判を受けていた。またなのはに会えることを待ち望み、最後の裁判を待っていた。しかしある夜、なのはは謎の少女に攻撃を受ける。

「魔法少女リリカルなのはA’s」は、なのはシリーズ第2期で、新たな脅威が忍び寄る魔法少女ファンタジーです。物語は前作から半年後を舞台に展開します。主人公のなのは、前作で登場したフェイト、そして本作で新たに登場する八神はやての3人の少女が中心となり、彼女たちの活躍を描きます。それぞれの少女が抱える困難や試練を乗り越えながら、友情や絆を深めていく様子が描かれています。