光明寺博士は考案したオールマイティ装置のある工場に爆破装置を仕掛け、その鍵を山林に埋める。ところが、偶然鍵を拾った青木ヒロシがペンダントにして秋月ユカにプレゼントする。その頃、ダークのプロフェッサー・ギルは五大都市全滅作戦を企てていた。

「飛び出す人造人間キカイダー」は、犯罪組織・ダークと、組織を離脱した人造人間キカイダーの対決を描いた立体映画です。悪の組織・ダークが送り込む怪物ロボットに、キカイダーが果敢に立ち向かいます。さらに、どんな壊れたロボットでも復元できるオールマイティ装置により、倒されたロボットが再び蘇り、戦いは一層激化します。キカイダーの孤独な戦いと、ダークとの壮絶な対決が描かれています。