奥村燐は、父親である悪魔に「虚無界」へ連れていかれそうになるところを藤本獅郎に守ってもらい、祓魔師になることを決意した。自分の出生を隠していた燐だったが、アマイモンが襲撃してきたことで魔神の落胤ということがばれてしまい、祓魔対象の一人となってしまう。燐は燐の監視役となった霧隠シュラから受け継いだ「青い炎」を操るための修業を指導される。そんな時、シュラのもとに1つの連絡が入る。それは、学園最深部に封印されていたはずの「不浄王の左目」が盗まれたというものだった。すぐさまその現場に駆け付ける燐たち。その後「不浄王の右目」を守っている京都出張所に派遣されることになる。

「青の祓魔師 京都不浄王篇」は、人気漫画を原作としたダークファンタジーシリーズで、祓魔師（エクソシスト）たちの活躍を描いています。主人公の燐を中心に、祓魔師たちは古の悪魔の復活を阻止するために激しい戦いを繰り広げます。信念を燃やし、闘い抜く彼らの姿が描かれています。