世に災いをもたらすと言われる”クロウカード”を集め、魔法の力で自分のカードに変えたさくらは、中学1年生になり、香港に帰国していた小狼と再会する。小狼と一緒に学校生活が送れることを喜んだのもつかの間、ある夜、カードに異変が起きる。そして、再び友枝町に不思議な事が起こりはじめ、さくらは再びカードを集めることに。そんなとき、さくらのクラスに女の子の転校生がきて…。

「カードキャプターさくら クリアカード編」は、「カードキャプターさくら」の新シリーズで、夢の鍵と透明なカードに導かれた主人公・さくらの新たな物語が描かれます。監督やスタッフ、当時のキャストがほぼ再結集を果たした本作は、友枝町で次々と起こる謎の事件に立ち向かうさくらの活躍が描かれています。さくらの新たな冒険と成長、そして友情や愛情の絆が深まる様子を描いた本作は、新旧のファンにとって見逃せない一作となっています。