熱斗、ロックマンたちの活躍で平和が訪れたのも束の間、地球はさらなる危機に直面していた。Dr.リーガルの背後にいたデューオという未知なる存在が彗星に偽装し、地球へ接近。リーガルが起こした事件を観測したデューオは、地球の抹殺という審判を下すが…。

「ロックマンエグゼ　ストリーム」は、人気ゲームをアニメ化したシリーズの第3弾で、地球とサイバーワールドの運命が描かれています。主人公・熱斗たちの戦いは地球の存亡をかけた規模へと発展し、新たな犯罪組織・ネオWWWが結成されます。この組織は現実とサイバーワールドの両方を騒がせ、熱斗たちはこれに立ち向かうことになります。物語は、現実世界とサイバーワールドの境界が曖昧になりつつある世界を舞台に、熱斗たちの勇敢な戦いを描いています。