5年前、巨人対中日のシーズン最終戦で完全試合を達成しながらも、左腕を故障し姿を消した、元巨人の星飛雄馬。しかし彼は野球選手として再起することを目指し、草野球の代打選手として活動し始める。そんな飛雄馬の前に、彼の噂を知った花形満が現れ…？

「劇場版 新・巨人の星」は、熱血スポ根アニメ「新・巨人の星」を再構成した作品です。TVシリーズの1～5話が劇場用に再編集され、主人公・星飛雄馬の姿が描かれています。左腕の故障で人々の前から姿を消した飛雄馬が、不死鳥のごとく再起するまでの過程が、より深く掘り下げられています。その結果、飛雄馬の挫折と再生の物語が、より鮮やかに描かれています。