碇シンジは14歳の少年。ネルフの司令官である父に命令されたことから、第三新東京市へとやってきた。父に電話をかけていると突然巨大な化け物が襲来し、街を壊し始める。シンジが襲われそうになった時、一台のスポーツカーがそこに停まる。中から若い女性がシンジを呼び、二人でその場から逃れる。その女性は葛城ミサトといい、ネルフに所属する一人であった。 シンジはミサトからネルフと化け物について説明を受ける。どうやら化け物は「使徒」と呼ばれているようだった。 そして人造人間エヴァンゲリオンと出会ったシンジは、父・ゲンドウから搭乗するように言われる。

「ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序」は、全く新しいエヴァンゲリオンの物語を描いています。14歳の少年シンジが主人公で、彼には世界の命運が託されています。シンジは、人類を脅かす謎の存在「使徒」に対抗するため、巨大な人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとして戦うことを求められます。しかし、彼はまだ少年であり、その重圧にどう向き合うのか、そして戦いの中で何を見つけるのかが描かれています。新たなエヴァンゲリオンの世界が、視覚的にもストーリー的にも鮮やかに展開されます。