碇シンジが長い眠りから目覚めたとき、世界は一変していた。人類は壊滅状態で、かつてネルフの一員であった葛城ミサトは、新しい組織「ヴィレ」にて活動していた。 そしてヴィレは、碇ゲンドウが属するネルフと敵対していた。初号機に乗ってともに戦おうとするシンジだったが、ミサトはこれを拒絶。 初号機を巨大戦艦AAAヴンダーのメインエンジンにすることで敵を駆逐する。 ミサトから自爆装置が内蔵された首輪をつけるように命令され、軟禁されてしまうシンジだったが、綾波レイに助けられヴィレから抜け出し、ネルフの本部へと向かう。

『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』は、前作『：破』から14年後の世界を描いています。大地は変わり果て、シンジは何が起きたのかを聞かされます。彼は重大な責任を感じ、心に深い傷を負います。この激動の3作目では、シンジの心が救われるかどうかが描かれます。新たな世界の変革を迎え、シンジとその仲間たちがどのように立ち向かうのか、その結末に注目です。