鳥羽伏見の戦いから撤退した新選組。甲陽鎮撫隊として公布へ赴くが、戦況は悪化の一途をたどり、新選組を離れる隊士も出て来た。千鶴は新選組と運命を共にすることを決意するが、その一方で土方も彼女にある想いを抱く。そして戦いは舞台は北の地へ。

「劇場版 薄桜鬼 第二章 士魂蒼穹」は、新選組と千鶴の運命が交錯する物語の完結編です。新選組の戦いが佳境に差し掛かり、それぞれの戦いが終わりを迎える瞬間が描かれます。TVシリーズとは異なる結末が視聴者を待ち受けており、その感動は語り尽くせません。また、劇場版オリジナルシーンも見どころの一つで、物語の深みを一層引き立てます。過酷な運命の行く末を描いた本作は、アニメファン必見の一作です。