クラエス公爵令嬢であるカタリナ・クラエスは両親に甘やかされて育ったことで高慢かつ我儘な性格に育ったが、ある日石に頭をぶつけたことで、この世界が前世で夢中になって遊んだ乙女ゲーム『FORTUNE LOVER』であることを思い出す。 そして、このゲームにおけるカタリナは主人公の恋路を邪魔する悪役令嬢であり、その結末は良くて国外追放、悪ければ死亡という破滅フラグしかなかった。 そんな運命を変えるため、性格がすっかり変わったカタリナは用意されたルートと異なる行動をしながらフラグ回避して幸せを掴むため奮闘する。

「乙女ゲームの破滅フラグしかない悪役令嬢に転生してしまった…」は、破滅が確定した悪役令嬢が幸せを掴むためのラブコメディです。主人公は破滅フラグを回避するために奮闘しますが、その行動は周囲の人物によって様々な方向に勘違いされ、本人の意思とは違う方向で絆が深まっていきます。これが作品の魅力であり、視聴者を笑わせる要素となっています。