神山飛羽真は、かつて剣士たちの戦いに巻き込まれて親を亡くした少年・陸と共に暮らしていた。その頃、聖剣の持ち主たちがひとり、またひとりと姿を消す事件が発生。そんななか、仮面ライダーファルシオンアメイジングセイレーンが倫太郎の前に現れる。

『仮面ライダーセイバー　深罪の三重奏』は、『仮面ライダーセイバー』最終章から8年後の物語を描いた正統続編です。主役は仮面ライダーセイバー、仮面ライダーブレイズ、仮面ライダーエスパーダの3人で、彼らがメインで活躍します。特に注目すべきは、テレビシリーズでは現れなかった仮面ライダーエスパーダの強化形態が登場する点です。これまで見せたことのない新たな力を発揮し、物語に深みを加えます。