帝国暦489年（宇宙暦798年）4月、ケンプ提督率いる銀河帝国軍のガイエスブルグ要塞が突如イゼルローン回廊に出現し、イゼルローン要塞を襲撃。イゼルローン要塞駐留艦隊司令官のヤンが査問会への出席で不在のなか、苛烈な防衛戦が繰りひろげられる。

「銀河英雄伝説 Die Neue These 激突 第三章」は、銀河帝国軍のガイエスブルグ要塞と自由惑星同盟軍のイゼルローン要塞の間で繰り広げられる大規模な要塞戦が描かれています。この戦闘は本作の最大の見どころで、ヤンが不在の自由惑星同盟軍の動向が注目されます。戦いの先に何が待っているのか、その結末はサードシーズンの最終章で明らかになります。