東京都高度育成高等学校の問題児が集まるDクラス。そのDクラスの中心である綾小路清隆と堀北鈴音は、他のクラスのメンバーと力を合わせて辛くも無人島サバイバル試験を突破した。この後は優雅な船旅で気分転換できると考えていたDクラスの面々だったが、新たな特別試験が開始された。軽井沢恵らと試験の詳細を聞いた綾小路だったが、癖の強いメンバーが集まっているDクラスは、うまく統率がとれない。クラスの枠を超えた試験にこのままでは苦戦してしまう。綾小路清隆と堀北鈴音が所属するDクラスは、過酷な試験で一体どうなってしまうのだろうか。

「ようこそ実力至上主義の教室へ 2nd Season」は、各クラスが入り乱れる新たな特別試験が開始されるシリーズ第2期です。まとまりきれないDクラスが新たな試験を前に窮地に立たされ、その中で綾小路がどのような決断を下すのかが見どころです。また、極限の学生生活の中で変化していく人間関係にも注目が集まります。生徒たちの思惑が交錯する中、どのような結末が待っているのか、視聴者を引きつけます。