1994年。世界はネウロイという異形の生命体の攻撃を受け、長きに渡る戦いが続いていた。そんな中、ブリタニアの片田舎からロンドンへ来たヴァージニア・ロバートソン（ジニー）は、渋谷いのりとミラーシャという少女と出会う。ジニーはその2人から、ジニーが連れているマスコットのような存在のモフィについて、ウイッチにしか見えない使い魔であると教えられる。同じ頃、ネウロイの侵攻に備えて音楽隊の新規隊員の募集を始まり、隊に所属していたいのりは、ジニーの素質を見込んで隊への推薦を考える。少女達の出会いから新たに組まれる音楽隊はどんな活躍を見せるのか。

「連盟空軍航空魔法音楽隊ルミナスウィッチーズ」は、歌と踊りで人々の笑顔を守る「戦わないウィッチ」たちの物語です。これまでの戦闘を主軸としたシリーズとは一線を画し、音楽を通じて人々を幸せにする優しいストーリーが展開されます。ウィッチたちが歌い、踊るシーンは見どころの一つで、その美しい歌声とダンスは視聴者の心を温めます。