阿笠博士の家のお風呂が壊れてしまったので、毛利蘭と灰原哀と一緒に銭湯へやって来た江戸川コナン。ところが、足を滑らし派手に転倒。そのまま気絶してしまう。そんなコナンを病院に連れて行くと言って車に乗せる怪しい2人の男がいた。ひとりは、人相の悪い入れ墨の男･タツ。裏の世界では『アドリブのタツ』として有名だ。もうひとりは名乗りこそしなかったものの、伝説の殺し屋･コンドウだった! 実は、2人は極秘裏に銭湯で任務を遂行していたが、怪しむコナンに感付かれたと思って連れ去ったのだ。と、コナンが目を覚ますも、なんと頭を打ったショックで記憶喪失になっているようだ。一方、毛利探偵事務所には浮気調査の依頼人が来ていた。名前は香苗。美人に弱い毛利小五郎は香苗と共に元便利屋だったという夫の仕事場へと向かった。そこで夫の写真を見せてもらうが、その写真に写っているのはコンドウの姿だった…。記憶を無くしたコナン、世間を騒がす爆弾テロ騒ぎ、そして売れない貧乏役者桜井が再び巻き込まれる! 最後まで油断できない事件の結末は、一体どこへ着地するのか!?

「名探偵コナン 江戸川コナン失踪事件 史上最悪の二日間」は、阿笠博士の家のお風呂が壊れ、銭湯に行ったコナンが足を滑らせて気絶し、怪しい2人の男に連れ去られるという事件から始まる。連れ去ったのは、裏社会で有名な男たちで、コナンは記憶喪失になってしまう。一方、毛利探偵事務所には浮気調査の依頼があり、依頼人の夫の写真には連れ去った男の姿が。記憶を無くしたコナン、爆弾テロ騒ぎ、そして巻き込まれる人々の運命は一体どうなるのか。