「飛べ! イサミ」は、新選組の子孫である小学5年生の花丘イサミ、月影トシ、雪見ソウシの3人が主人公。彼らはイサミの祖父の家の土蔵で“龍の剣”と数々の発明品を見つけ、新選組の秘密基地を発見する。そして、世界征服とイサミの父の誘拐を企む悪の秘密組織「黒天狗党」と戦うことになる。物語は「少年探偵もの」から始まり、中盤から「変身ヒーローもの」へとシフトしていく。