西暦2205年。歴史改変を目論む歴史修正主義者による過去への攻撃が始まっていた。

歴史を守る使命を与えられた審神者によって、励起された刀剣男士たちは、とある本丸を拠点に活動している。

ある日、その本丸に新たな刀剣男士として不動行光が顕現する。彼は、元主である織田信長に愛されなかったという思いを抱え、同じく信長に縁のある宗三左文字、薬研藤四郎、へし切長谷部らと衝突を繰り返す。

そんな彼らに、信長が暗殺される本能寺の変への出陣命令が下された。

織田信長という存在に複雑な思いを抱える刀剣男士たちは、変えたいと願う過去と守るべき歴史との間で激しく葛藤する。これは、廻る歴史の始まりの物語である。