西暦5012年。
突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、彼らが生み出した＜機械生命体＞により、人類は絶滅の危機に陥った。
月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。
しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、戦いは膠着状態に陥る。
人類は最終兵器として、新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を地球へと派遣した。

西暦11945年。
「第243次降下作戦」が決行され、新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が地球へと派遣される。
両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び＜イヴ＞の撃破に成功。
これを敵の殲滅、及び永きに亘る戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。

これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、戦いと願いの記録――。

「NieR:Automata Ver1.1a」は、スクエア・エニックスとプラチナゲームズが共同で手掛けたゲーム「NieR:Automata」を原作としたアニメの第2シーズンです。エイリアンとの戦いに敗れ、月へと移住した人類の願い“地球奪還”のために地球に送られたアンドロイド兵たちの戦いの記録が描かれます。石川由依と花江夏樹がアンドロイド兵の＜2B＞と＜9S＞を演じます。