時に西暦2207年。あのガミラス本星とイスカンダル星が消滅した事件から二年――。突如、太陽系に謎の巨大物体〈グランドリバース〉が出現した。地球防衛軍の善戦虚しく、幾重もの防衛網を易々と突破した〈グランドリバース〉は、悠然と地球の新首都へと降下したのである。音も無く出現する降下兵の群れ。上陸する多脚戦車。瞬く間に首都は制圧されてゆく。もはや地球には抗う術はないのか――。そのとき旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下った。「ヤマトへ集結せよ!!」そこに聞こえてくる謎の歌声。「帰ってきた」と呟く謎の男。果たして侵略者の驚くべき正体とは!?人類の命運を賭けて、いま未踏の時空へと宇宙戦艦ヤマトの航海が始まる。

西暦2207年、ガミラス本星とイスカンダル星が消滅してから二年後、太陽系に突如謎の巨大物体グランドリバースが出現。地球防衛軍の防衛網を易々と突破し、新首都へと降下する。降下兵の群れや多脚戦車が瞬く間に首都を制圧し、地球は絶望的な状況に。しかし、旧ヤマト艦隊クルーに極秘指令が下る。「ヤマトへ集結せよ！」謎の歌声と共に現れた男の言葉が指し示すのは何なのか？未踏の時空へ、宇宙戦艦ヤマトの航海が再び始まる。

本作は1980年公開の劇場映画第3作「ヤマトよ永遠に」の要素に新解釈を加え、全26話に再構成した意欲作。タイトルの「3199」が示す意味とは？そしてデザリアムとの秘められた関係が明らかにされる。敵士官アルフォンに捕らえられた森雪と自責の念に苛まれる古代進、さらにはスターシャの遺児サーシャの存在がストーリーの緊張感を高める。キーワード「REBEL（反逆）」が意味するものとは何か？ヤマトの物語は「絶望的な運命への反逆」から始まる。