タウンズビルという街に住む天才科学者・ユートニウム博士の研究室では、完璧な女の子を造る実験が行われていた。だがある日、順調に進んでいた実験中に助手のジョジョが謎の化学物質“ケミカルＸ”を誤って調合してしまう。そして３人ものスーパーパワーを持ったカワイイ女の子たちが誕生した。ある時、鬼ごっこをしていた“パワーパフ ガールズ”の３人娘、ブロッサム、バブルス、バターカップはパワーが有り余りすぎてあらゆる物を壊してしまい、住人の非難を浴びる。そこへ、いつもと様子が違うジョジョが現われヽ人を慰めて自分の提案に協力させようとする。