タウンズビルという街に住む天才科学者・ユートニウム博士の研究室では、完璧な女の子を造る実験が行われていた。だがある日、順調に進んでいた実験中に助手のジョジョが謎の化学物質“ケミカルＸ”を誤って調合してしまう。そして３人ものスーパーパワーを持ったカワイイ女の子たちが誕生した。ある時、鬼ごっこをしていた“パワーパフ ガールズ”の３人娘、ブロッサム、バブルス、バターカップはパワーが有り余りすぎてあらゆる物を壊してしまい、住人の非難を浴びる。そこへ、いつもと様子が違うジョジョが現われヽ人を慰めて自分の提案に協力させようとする。

「パワーパフ ガールズ ムービー」は、天才科学者ユートニウム博士が「砂糖・スパイス・素敵な物」を使い、完璧な女の子を造り出す実験中に、ペットのジョジョが誤って謎の化学物質「ケミカルX」を調合し、超人パワーを持つブロッサム・バブルス・バターカップの3人娘が誕生する物語。しかし、彼女たちのパワーが有り余り街を破壊し、住人から迫害を受ける。そんな中、ガールズの誕生と同時に「ケミカルX」を浴びて変貌したジョジョが現れ、彼女たちはどうやって街のヒーローとなるのか、その過去が描かれる。