舶来の天文と航海術に長けた平戸藩士・彦馬は、嫁いできた美しい嫁・織江がひと月で失踪してしまい、手掛かりを追って江戸に来る。実は、織江はくノ一で、西国諸藩の取り潰しを目論む幕府の密偵だった。そうと知らぬ彦馬は、江戸で寺子屋師範をし織江を捜す。

「妻は、くノ一」は、くノ一に恋した夫と、愛ゆえに隠密の掟を裏切る妻のせつないラブサスペンスです。新妻が突然消え、開国か攘夷か揺れる幕末の時代背景の中で、天文係の夫とくノ一の妻の恋が描かれます。市川染五郎と瀧本美織が会えそうで会えない「織姫と彦星」のような関係を熱演し、ジラし系の恋物語が展開します。