業務用厨房機器販売会社に勤める中城加奈（仲間由紀恵）は、打ち合わせに向かうため電車から降りた駅でホームに立つ1人の男性（陣内孝則）に目を止める。いったんは出口へ向かいかけた加奈だが、再びホームに戻り静かに男に近づく。たまたまホームに居合わせ、そんな加奈の行動を見ていた左官職人の田崎翔太（加瀬亮）もまた、男に何かを感じて近づく。ホームに電車が滑り込んでくると、線路に飛び出そうとした男を間一髪のところで捕まえ、引き戻す加奈と翔太。

警官・権藤（塩見三省）の立会いのもと、駅員室に呼ばれた3人。藤本誠と名乗るその男は、自殺しようとしたことを強く否定し、突然つかみかかってきた加奈と翔太を激しく非難するが、権藤の配慮で2人は帰される。そのまま駅で別れるが、翔太は加奈を追いかけ駅を飛び出す。しかし、加奈の姿は見つからず、仕方なくコーヒーショップへ入ると、偶然加奈が店内にいた。ぎこちない会話の末、翔太は思いきってメールアドレスを聞き、翌日からメールのやりとりが始まる――。

「ありふれた奇跡」は、業務用厨房機器販売会社に勤める加奈と左官職人の翔太が、駅のホームで自殺しようとする男・藤本を偶然助けるところから始まる物語。加奈と翔太は、それぞれ自殺を考えた過去を持つが、藤本を通じて互いに秘密を共有し、親密になっていく。しかし、加奈の家族は翔太との交際に反対し、加奈自身も過去の過ちから素直に交際できないでいた。さらに、加奈の父と翔太の父には他人に知られたくない共通の趣味があり、それぞれが抱える秘密と向き合いながら、彼らの人生が交錯する。