パソコンの周辺機器の製造販売をする一部上場企業ワンダーエレクトロニクス。その本社ビルの最上階には、会社の最高意思決定機関、常務取締役会がある。ある日、二人の男が専務の松方健二郎（段田安則）に呼ばれその秘書室に配属される。竜崎ゴウ（唐沢寿明）は、大阪支社で支社長をしていた男。有能な秘書で、経営にも口を出せる頭脳派。彼が秘書室長に抜擢された。もう一人、真行寺アユム（反町隆史）は、二枚目の優しい男。東京営業所勤務で、ショールームの女の子たちを持ち前のマスクで仕切っていた。そんな二人が秘書室に配属された真の理由、それは・・・。
秘書室には、美人で優秀な女性秘書が七人いる。秘書のスペシャリストである彼女達は、実はそれぞれの理由で男嫌いだった。大企業の社長の娘で売れないコメディアンと同棲をしているシズク（木村佳乃）。結婚詐欺に遭い、男は悪魔、女が一番と唱える宗教にはまっているサダ（りょう）。異常なダイエットにはまり、夜はキャバクラで男から金を巻き上げているキイコ（小雪）。40代でお局といわれているが、実生活で20年の愛人生活にうんざりしているアミ（高橋ひとみ）。どこか別世界に生きているレズビアンのリリ（伊東美咲）。ほのぼのさで年寄りの人気者、その実、もっとも冷静な女ミン（一戸奈未） など筋金入りの男嫌いが集まっていた。一人ミヤビ（西田尚美）だけは、本当は男が好きだったがリリに言い寄られて拒否できない。
一方、男二人も裏には本当の顔があった。竜崎は真面目で知的に見えるが、仮面をはがせば、いい加減でアバウト、嘘つき。そして下半身がだらしなかった。真行寺も二枚目の外見とは裏腹に、いざとなると女性に近づけない。母親（江波杏子）コンプレックスから真剣に女性と交際したことがなかった。
秘書室では日夜様々な事件が起こる。竜崎と真行寺は、言うことを聞かない女性達と組み、その処理に追われるのだが、徐々に二面性をもつ彼ら彼女らの裏の顔がバレて、事態は混沌としていく・・・。

"ラブコンプレックス"は、一部上場企業ワンダーエレクトロニクスの秘書室を舞台に、二人の男と七人の女性秘書たちの物語。竜崎ゴウと真行寺アユムは、それぞれの秘密を抱えながら秘書室に配属される。彼らが対峙するのは、男嫌いの美人秘書たち。彼女たちはそれぞれに深い理由で男性を避けている。一方、竜崎と真行寺もまた、見えない仮面を被っている。秘書室では日々様々な事件が起こり、彼らの二面性が次第に明らかになり、事態は混沌としていく。