晴原柑九朗（山下智久）は、”ハルカン”の愛称で報道番組のお天気コーナーに出演する、気象庁気象研究所の研究官。彼の研究室に雲田彩（出口夏希）が派遣としてやってきた。晴原は、お天気コーナーの時の爽やかな笑顔とは裏腹に、初対面の雲田に辛辣（しんらつ）な態度を取り、クビにしようとする。しかし、対する雲田も海外仕込みの負けん気を発揮し反論し、晴原を驚かせる。そんな中、気象災害から人命を守るために、階級・年齢に関係なく能力本位のエキスパートで集められた部隊SDM（特別災害対策本部）の設置がマスコミへ発表される。そしてその要となる気象班統括責任者が晴原で、雲田はその助手として晴原の上司・上野香澄（平岩紙）によって採用されたことを知る。マスコミ発表の翌日、福島県北部で急激な悪天候のため、雪崩に巻き込まれ10名が遭難したとの情報が入る。晴原は迷いなくSDM出動の判断をし、現場へ急行。さらに、雲田も上野の命令で共に現場へ向かう。しかしSDMは試験運用中の為、大きなミスが起きれば正式運用が見送られるというリスクを抱えてのものだった。現場に到着した２人は、SDMメンバーで消防班責任者の佐竹尚人（音尾琢真）、消防士長・園部優吾（水上恒司）、ドライバー兼料理人の丸山ひかる（仁村紗和）、情報班の山形広暉（岡部大）と、要救助者の捜索と避難指示にあたる。晴原の『命を諦めたくない』という強い想いに圧倒される雲田は、彼の厳しさもその裏返しなのだと知る。そして、その想いの裏には５年前の忘れられない大きな悲しみが…。

「ブルーモーメント」は、気象災害と戦う特別災害対策本部（SDM本部）メンバーの活躍を描いたドラマです。日々の安全を守るため、彼らは命がけで救助活動に挑みます。原作は小沢かな氏の「BLUE MOMENT」。タイトルの「ブルーモーメント」は、日の出前と日没後の一瞬を表し、日常の平和を象徴します。このドラマは、そんな平凡な幸せを守るために奮闘する人々の物語です。