水戸から江戸を目指す光圀公（東野英治郎）の行列にひとりの娘が駆け込んできた。娘は五島藩主五島大和守の息女・安里姫（小林由枝）と言い、藩内の内紛を鎮め、領民たちに幸せを取り戻そうとはるばる江戸へやって機会をうかがっていたと言う。これを知った黄門様は立ち上がり、助さん格さんと供に五島列島を目指す旅が始まる。しかし、その行く手にはこれにも増して恐ろしい企みや刺客の手が待ち受けているのだった…。