群れを好み、金を愛し、腹腔鏡のスキルと要領の良さだけを武器に突き進む男――「東帝大学病院」の外科医・加地秀樹（勝村政信）が、愛してやまない金にあっさり裏切られる緊急事態が発生した。なんと…病院長・蛭間重勝（西田敏行）のお使いで訪れたシンガポールで、うっかりギャンブルに興じて一世一代の大ばくちに出るも、鮮やかなまでにボロ負け。預かった病院の資金までもまるっと溶かしてしまい、借金地獄に突き落とされてしまったのだ！　しかし、捨てる神あれば拾う神あり!? 「東村練（西畑大吾）を医者にしないでください」――この依頼さえ遂行できれば、神原晶（岸部一徳）が多額の借金を肩代わりしてくれるというではないか！ 東村練とはスチューデントドクターとして、東帝大学病院で臨床実習を行っている医学生。晶はなぜ、練を医者にしたくないのか？ その真意を測りかねながらも、背に腹は代えられない加地はすぐさま、指導医として練に接近するのだが…。　練と初めて接触した瞬間から、加地は新たな地獄へと足を踏み入れることになる。というのも…練は成績こそトップだが、態度は史上最悪！ 加地に対しても不遜な態度で、「あなたから教えてもらうことは何ひとつありません」と言い放ち…。海老名敬（遠藤憲一）の娘であるスチューデントドクター・彩（富田望生）から寄せられる恋心も、陰で冷徹に踏みにじる練。そんな中、練の父親がなぜか名字の違う楠田永吾（及川光博）であることが発覚！ その事実を知った瞬間、加地の脳裏に《封印していた18年前の記憶》がよみがえり…。

「ドクターY～外科医・加地秀樹～」は「ドクターX」に登場する加地秀樹を主人公にしたスピンオフドラマ。「ドクターX」では手術の助手を務める場合が多い加地が、腹腔鏡の魔術師として全国の病院の難病患者へ挑んでいきます。スピンオフならではの挑戦的な内容も描きつつ、日常パートのコメディや患者と向き合うシリアスさを楽しめる作品です。