"SPY/スパイ"は、CIAの内勤分析官スーザン・クーパーが、パートナーエージェントのブラッドリー・ファインが任務中に死亡した後、彼の任務を引き継ぐ物語。スーツケース型核爆弾の隠し場所を知る唯一の人物が死亡し、その情報を持つ可能性がある娘レイナを追う。スーザンは現場エージェントとなり、レイナの信頼を得るために彼女の暗殺を阻止し、核爆弾のありかを突き止める。しかし、彼女の任務はCIAの二重スパイ、テロリスト、そして自身の同僚の裏切りによって複雑化する。スーザンは自分の能力を信じ、真実を暴き、世界を救うために戦う。