「フェイス/オフ」は、テロリストに息子を殺されたFBI捜査官ショーン・アーチャー（ジョン・トラボルタ）が、テロリストキャスター・トロイ（ニコラス・ケイジ）を捕えるも昏睡状態になる物語。トロイがロサンゼルスを壊滅させる爆弾を仕掛けていたことが判明し、アーチャーはトロイの顔を移植し、爆弾の在りかを聞き出す極秘任務に就く。しかし、トロイが目覚め、アーチャーの顔を移植し、アーチャーの人生を奪う。アーチャーは刑務所で反乱を起こし脱獄を試みる。