ゴジラをテレパシーで操る“Tプロジェクト”を遂行するため、Gフォースの新城たちが南太平洋にあるバース島に派遣される。彼らはゴジラに小型増幅装置を命中させ、メンバーである未希のテレパシーで実験を成功させるが、宇宙からスペースゴジラが襲来する。

「ゴジラVSスペースゴジラ」は、ゴジラ細胞が結晶生物と融合し、新たな怪獣が誕生する物語です。この新怪獣は宇宙からの新たな脅威としてゴジラと激突します。監督の山下賢章、脚本の柏原寛司、音楽の服部隆之という初参加のスタッフが手掛けた意欲作で、激しいバトルが描かれます。また、「ゴジラVSメカゴジラ」に登場したリトルゴジラも再び登場し、物語に深みを加えます。