ゴジラ消滅に燃える“Gグラスパー”の隊員・桐子は、物理学者の吉沢たちが開発を進めるブラックホール砲“ディメンション・タイド”の完成を期待していた。だが、実験途中に時空の歪みが生じて古代昆虫・メガヌロンの卵が出現し、東京に運ばれてしまう。

「ゴジラ×メガギラス G消滅作戦」は、1954年のゴジラ襲撃をきっかけに首都が大阪に移ったパラレルワールドを舞台に描かれています。古代昆虫・メガヌロンが進化したメガギラスが登場し、ゴジラとの激しいバトルを展開します。特に東京でのゴジラとメガギラスとの戦いは、「平成ガメラ」シリーズのリアル志向を意識した描写が見受けられます。この作品は、新たな敵との壮絶な戦いを通じて、ゴジラの存在意義を再び問い直す作品となっています。