大阪中之島に本拠を置く中島組の組長・佐倉一誠は、共和会から脅迫を受ける企業の社長に仲介役を頼まれる。これを機に、敵対していた中島組と共和会は戦争に突入。呆気なく共和会を壊滅させた若頭・辰巳周平は武力進攻を開始し、日本地図を血で染めていく。

「やくざ戦争 日本の首領」は、全3部作の第1弾で、東映ヤクザ映画の集大成とも言える作品です。日本版「ゴッドファーザー」とも称され、その後の「日本の首領（ドン） 野望編」「～完結編」と続く壮大な物語が展開されます。任侠映画から実録映画へと進化した東映ヤクザ映画の中で、人間の野望や葛藤を描いた重厚な人間ドラマが繰り広げられます。