京都博徒が伝統を誇る平安会の花会で、喜多見組組長が大阪の新興暴力団浪華会・岩上会長の組員に殺された。喜多見組代貸・堀田が組長を襲名すると、佐竹を預かり盃（人質）として岩上の下に送る。一方、浪華会は土橋を京都に駐在させ、緊迫した空気が流れる。

「日本暴力団 組長と刺客」は、「日本暴力団」シリーズの第2弾で、ヤクザ社会の中で任侠道に命を賭ける男たちの姿を描いています。昭和36年頃の京都が舞台で、昔ながらの任侠道に生きる侠客博徒集団と、大阪から流れ込んだ新興暴力団との縄張り争いの全貌を描き出します。主演は鶴田浩二で、彼の演技により、ヒットシリーズとなりました。