土佐浪士武市瑞山、吉岡寅之助らと手を握り佐幕派の暗殺を企てる勤皇の志士・志戸原兼作。ある夜、暗殺隊は目明し・佐平の家を襲い、妻子まで斬り殺してしまう。引き揚げの際、兼作は戸の隙間から幼い少女が異様なまなざしを向けていることが気になるが…。

「祇園の暗殺者」は、薩摩、土佐、長州の各藩浪士たちの勢力争いを背景に、暗殺者の運命を描いた作品です。笠原和夫のオリジナルシナリオを内出好吉監督が映画化しました。物語は、佐幕派の暗殺を企てる勤皇の志士である主人公が目明しと妻子を斬殺したことから始まります。この出来事がきっかけで、主人公の運命は大きく変化していきます。