悪家老・結城大乗の奸計により、父を殺された近江国・尾形城主の若君・雷丸は、逃げる途中で巨大な竜に襲われるが、大鷲に助けられ飛騨国・蝦蟇ヶ岳に運ばれた。それから十余年、一人前の忍者に育て上げられた雷丸は、自雷也と名乗り敵討ちに乗り出す。

「怪竜大決戦」は、山内鉄也監督の手による大忍術アクション映画です。主人公の自雷也と大蛇丸の戦いを特撮を駆使して描いています。東映京都撮影所の特撮陣が手掛けた巨竜、大がま、大蜘蛛、大鷲の一大スペクタクルは、観る者に特撮映画の醍醐味を存分に味わわせます。時代劇と怪獣ムービーの要素を融合させた本作は、その独特の世界観で観客を引き込みます。